Năm 1987 ông chuyển từ làm việc trong Quân đội nhân dân Việt Nam sang làm việc tại Tổng cục Điện tử và Kỹ thuật Tin học Việt Nam. Sau đó, lại chuyển sang làm việc tại Công ty Liên doanh Máy tính Việt Nam Genpacific.
Năm 1989 ông thành lập Công ty Máy tính-Truyền thông-Điều khiển 3C.
Ngoài lãnh vực tin học, TS. Nguyễn Quang A cũng là một chuyên gia kinh tế và là một trong những người đi đầu trong ngành ngân hàng tư nhân tại Việt Nam. Năm 1993 tham gia sáng lập Ngân hàng ngoài Quốc doanh VP Bank nay là Ngân hàng TMCP Việt nam thịnh vượng.
Năm 2007 ông cùng 8 nhà nghiên cứu có tên tuổi trong nước thành lập Viện Nghiên cứu Phát triển IDS.
